“杨乃武与小白菜”一案是清末四大奇案之一，当时闹得朝野耸动、家喻户晓。姿色出众的毕秀姑，人称小白菜，其夫患病而死，却被县令刘锡彤诬为与杨乃武谋杀，并且施用酷刑逼供，屈打成招。
但是由于家人不断上告，又加上朝廷政治斗争的机遇，杨乃武、小白菜得以昭雪。
杨乃武、小白菜是小人物，牵出的社会背景却是纷繁复杂，引发出的案件情节跌宕起伏，所以杨乃武、小白菜的故事流传至今仍然耐人寻味。
清朝同治、光绪年间的浙江省余杭县仓前镇，塘河穿镇而过，镇上川流不息的人群忙碌着、招呼着。镇上有一家豆腐店，店主姓葛，因排行第一，人称葛大，娶妻喻氏，生下一子，名唤品连，人称葛小大。
后来葛大病死，豆腐店不开了，品连就到余杭一个豆腐作坊当伙计。母亲葛喻氏改嫁给一个名叫沈体仁的木匠，故又称沈喻氏。同治十年（1871），沈喻氏托品连的干娘冯许氏做媒，聘毕秀姑为品连之妻。这一年秀姑17岁。
毕秀姑，也是浙江余杭人，因为平时喜欢穿一件绿色的衣服，系一条白色围裙，人又清秀，街坊给她起了个绰号叫“小白菜”。
她幼年丧父，母亲王氏改嫁给了一个叫喻敬天的小贩。到了喻家以后，她虽然聪明能干，但是继父并不喜欢她，经常遭到市井无赖的调戏侮辱。
小白菜嫁给葛品连以后，因丈夫长得像《水浒传》中的武大郎，而她貌美如潘金莲，人们又叫她“毕金莲”；又因丈夫是做豆腐的，也有人叫她“豆腐西施”。
葛品连与小白菜定亲后，家里的房子不够住，于同治十一年（1872）三月暂时在喻敬天家成亲。喻敬天家房屋狭窄，久居不便，于是葛品连夫妇打算在外面另租房屋。恰好这时县城内澄清巷口西首有一户姓杨的人家请沈体仁修房子，房屋修好，除了自居以外还有一间空屋子。
葛品连便托沈体仁向杨家承租，月租1000文。
这户姓杨的人家世代居住在浙江余杭县，以养蚕种桑为业，家境小康。主人杨乃武，字书勋，又字子钊，排行老二，人们都称他杨二先生。20多岁考取了秀才，30出头又中了举人，令街坊邻里羡慕不已。杨乃武有个姐姐叫杨菊贞（淑英），出嫁不久，丈夫就去世了，青年守寡，便住在娘家。
杨乃武在襁褓之中，便由姐姐照看，因而姐弟感情深厚，如同母子。后来杨乃武娶了城中詹家的女儿詹彩凤为妻。詹家在城中，也是家小乡绅。詹彩凤是一位勤劳节俭、善良贤惠的妇女，种桑、种地、养蚕，终日劳碌。杨乃武性情耿直，平日看到地方上不平之事，总是好管多说，伸张正义，又常把官绅勾结、欺压百姓等事编成歌谣，对官府见不得人的弊端进行了大胆的揭露与辛辣的嘲讽。
对于官府来说，杨乃武是一个“刺儿头”式的人物，有一支厉害的笔，又有举人的头衔，因此，本来就与杨结仇的县官刘锡彤对其更加痛恨，一直俟机报复。
刘锡彤原先只是余杭县城外一处关卡的九品小税吏，掌管着来往商客的船只课税之权，对老百姓的正当买卖也是敲诈勒索，无恶不作，引起了当时还是秀才的杨乃武的愤恨，早就打算为乡亲们出出气了。
正巧当地修桥铺路，需要派人到杭州府去采购基建材料。杨乃武急公好义，即自告奋勇到杭州府去走一趟，顺便拜谒在杭州任知府的老师。杨乃武到杭州府购置建材装完船只后，乘拜望老师之机，请知府出一份免税的公文，用以对付刘锡彤。杨乃武押运货船回到余杭关卡时，既不对查税的税吏讲明船上是为公益之用的建材，也不出示杭州府免税的公文，却佯称自己是商船，暂将货船停泊抵押，自己回去取税银。
杨乃武在再去杭州府的途中，悄悄将杭州府发的免税公文拿出来用双手拧成两截，一截立即销毁，另一截揉揣在怀里去见自己的老师。他诬称“刘锡彤扣船敲诈，见了免税的公文欲夺取撕掉，幸亏自己抢得快，才抢到这半截”，说完从怀里取出剩下的公文呈给知府过目。知府看后大怒，认为有州府免税公文证明杨乃武是为公益办事，刘锡彤竟然也要敲诈勒索，立即发一火签，将刘锡彤的税吏免职。
这位九品官还不知道怎么回事，自己的红顶子就被摘掉了。后来得知是当地的杨秀才从中捣鬼，刘锡彤恨得咬牙切齿，发誓要报仇雪恨。他到北京花了五千两银子，捐到了余杭县县官的职位，从此对余杭百姓更加横征暴敛，疯狂剥削。仓前镇是漕米集中的地方，百姓完粮，陋规极多。
交银子有火耗，交粮米有折耗，量米的时候还要用脚踢三脚。受欺负的都是些中小粮户，他们叫苦连天。于是杨乃武代他们交粮米，又代他们写状子，向衙门陈诉粮胥克扣浮收，请求官府剔除钱粮积弊，减轻粮户额外负担。仓前镇收粮官何春芳反咬杨乃武一口，说他鼓动农民抗粮不交，代农民包交漕米，从中渔利。
县官刘锡彤立即传杨来讯问。杨据理力争，刘理亏，便说他吵闹公堂，目无王法，将他驱逐出去，而钱粮之舞弊如故。杨乃武愤愤不平，于夜间在县衙的墙上贴上一副对子：“大清双王法，浙省两抚台。”因为清朝明令禁止量米时用脚踢，抚台也有布告，溢出的米准许粮户扫取，但是余杭县却仍旧不改。
经历这件事，刘锡彤恨不得将杨乃武碎尸万段。不久，报仇的机会终于来了……
葛品连向杨乃武家承租了住房，于同治十一年（1872）四月二十四日与小白菜搬入居住。葛品连每天半夜要起床做豆腐，因此常常住在豆腐作坊里，十天半月回家一次。杨乃武夫妇见小白菜聪明伶俐，性情温顺，都很喜欢她。
因为葛品连经常不在家，詹氏常叫小白菜到家里与杨家人一起吃饭。小白菜也常请杨乃武教她识字念经。两家相处很融洽。小白菜从前经常遭到市井无赖的欺侮，自从搬到杨家后，那些无赖再也不敢来了，因为杨乃武见到他们是要骂的。那些地痞便制造谣言说“羊吃白菜”。
谣言传到了葛品连耳里，他渐渐起了疑心。于是有几个夜晚，他潜回家里，在屋檐下偷听，除了听见杨乃武教小白菜读经卷以外并没有听见任何私情。接着，葛品连将谣言和偷听情形，告诉了母亲沈喻氏。沈喻氏来杨乃武家时，也看到过小白菜和杨乃武夫妇及杨菊贞同桌吃饭，听品连这么一说，心里不禁也有些怀疑。
沈喻氏原是个糊涂人，竟愚蠢地和邻舍谈起这事，于是街闾遍传，流言就更多了，而杨家人还蒙在鼓里。
一天，葛品连回到家中，杨乃武向他讨取房租，因房租已经欠了几个月了。葛没有钱便向沈喻氏商借，沈喻氏说，外间闲言很多，为了避嫌，最好另行租房居住。于是同治十二年（1873）闰六月，葛品连与小白菜移居到太平弄口喻敬天表弟王心培家。
自小白菜搬走后，杨乃武从未去过小白菜家，小白菜也没有再来过杨乃武家。
搬到王心培家以后，小白菜又经常受到外人欺侮。县衙门有个捕役名叫阮德，他有个姐姐叫阮桂金，已经嫁过三个男人，与粮胥何春芳有染。县官刘锡彤有个儿子叫刘子翰，是个花花公子，经常与何春芳在一起冶游，素知小白菜美而艳，垂涎欲滴已久，于是和一个同他相好的佣妇计谋把小白菜搞到手。
一天，佣妇以他事诱骗小白菜到她家，小白菜到达时，刘子翰已在那里恭候多时，见到小白菜容貌分外俏丽，色胆包天，便将小白菜强暴了。小白菜心中无比痛恨，却又畏惧刘子翰的权势，又害怕事情败露后丈夫不能原谅自己，因此一肚子苦水不敢声张。然而恶毒的佣妇却将此事泄露给阮桂金，阮桂金又告诉了何春芳。
何春芳早就想染指小白菜，于是于八月二十四日潜入葛家，正好王心培夫妇不在家，何春芳便以刘子翰之事相要挟企图强暴小白菜。两人正在厮打之时，葛品连从外面进来，小白菜哭泣不止。葛品连大骂何春芳，何春芳灰溜溜地走了。葛品连即责骂小白菜，认为在杨家的时候已有谣言，现在又发生这样的事，怀疑小白菜行为不端。
从这以后，葛对小白菜经常非打即骂。有一次，葛让小白菜腌菜，晚上回家的时候看到还没有腌，立即将小白菜痛打一顿，小白菜气得把头发剪掉，要去当尼姑。二人的母亲沈喻氏和喻王氏闻讯赶来，询问王心培，知道了吵闹原因。小白菜的母亲气得直哭，说腌菜小事，何必这样痛打。
葛品连的母亲也责骂他不该这样，葛品连说是打她一顿出出气。经劝解后，二人和好如初。
十月初七日，葛品连突然身发寒热，双膝红肿。小白菜见他有流火症状，劝他请个替工，休息两天。葛不听，仍然到豆腐作坊上工。初九日早晨，葛身体支持不住了，便往家走，路过点心店，买了几个粉团边走边吃，走到学宫化字炉前竟呕吐不止。
回到家时已两手抱肩，发寒发抖，呻吟不绝。小白菜连忙扶他上楼，给他脱掉外衣，盖上两床被子。问他病情，说是初七日到作坊去，两天来身体总是忽冷忽热的，恐怕是疾发气弱，让小白菜拿1000文钱托喻敬天代买东洋参和桂元。买来后，小白菜煎成汤给他服下，并请王心培的妻子去告知喻王氏。
喻王氏赶来时，葛品连仍然卧床发抖，时欲呕吐，她照料了半天便回家去了。下午，小白菜见葛喉中痰响，口吐白沫，问他怎么样，他已不能说话。小白菜急得喊叫出来，王心培闻声上楼，小白菜告知情由，王心培马上去叫沈喻氏和喻王氏。二人赶到时，葛已经不能张口了，急忙把医生找来，说是痧症，用万年青萝卜籽煎汤灌救无效，气绝身亡。
家人悲痛欲绝，为葛换了衣裳，尸体正常，并无异样，当时都没有什么怀疑。
葛死时正是十月，气候很暖，葛身体肥胖，初十夜间尸体口鼻内有淡血水流出。葛品连的干娘冯许氏对沈喻氏说，葛死得可疑。沈喻氏见尸体脸色发青，也起了疑心。就盘问小白菜，小白菜说并无别样事情。
冯许氏叫来地保杨仁，请他代写呈词，准备到县衙喊告。呈词中仅说死因不明，并未涉及任何人。十一日黎明，杨仁、沈喻氏赴县衙喊告，县官刘锡彤听说出了命案，赶紧带领仵作前往验尸。这时候正好当地有一个绅士陈湖到县衙来给人看病。陈湖是个秀才，懂得一点医道，平日里与杨乃武不睦，因为杨乃武的谤诗里也提到过他。
他听说葛品连身死不明，便对刘锡彤说，外面早就有传言说杨乃武与小白菜有私情，现在葛品连暴死，内中恐有别情。刘锡彤听说，忙叫人去打听，果然有这种说法，随即前往验尸。当时尸体已经膨胀，上身淡青色，肉色红紫，仵作沈祥辨认不真，把手指脚趾灰暗色认作青黑色；口鼻里血水流入两耳认做七窍流血；用银针探入喉管是淡青色认作青黑色；银针抽出时，并未用皂角水擦洗即认作服毒。
因为尸体没有僵硬，仵作说成是烟毒。门丁沈彩泉听信了陈湖的话，就说不是烟毒，一定是有人用砒霜毒死。一个说是烟毒，一个说是砒毒，争论不休，仵作便含糊报称是服毒而死。刘锡彤听说是服毒身死，立即传问葛品连的邻舍，都不知毒药从何而来。刘锡彤也因为有陈湖之言，已怀疑与小白菜有关，当即将小白菜带回县署。
葛品连事实上就是病死，可是这么多人添枝加叶，又牵扯到新科举人杨乃武，刘锡彤心中窃喜：“嘿嘿，杨乃武，你终于落到我手里了！”他将小白菜带回县衙后，当天就迫不及待地坐堂审讯，追问小白菜毒药从何而来，小白菜供不知情。
刘锡彤百般劝诱，小白菜仍说不知是服毒身死，更不知毒药从何而来。
审了半天，小白菜始终说不知道。夜间再审，刘锡彤不问毒药来源，却要她说出与何人。小白菜也说没有。一再逼问，都说没有。又问在杨乃武家住时是否与杨乃武有私情，小白菜说杨乃武只是教她识字读经，并无私情。审了多时，仍审不出奸情。刘子翰、何春芳害怕逼问奸情，小白菜会说出他二人来，当夜立即叫阮桂金到狱中诱骗恐吓小白菜说：“葛品连是被毒死的，验尸已经确认。
外面都传说是你谋杀亲夫，罪名一成立，你就会被凌迟处死，那可是千刀万剐啊！要想活命，只有说是别人叫你毒死的。你在杨乃武家住过，外面早就说你和杨乃武有关系，如果你说出是杨乃武叫你毒死的，你就不会判死罪了。杨乃武是新科举人，面子大，也不会死。也就是把举人的头衔革掉，明年再考，还是举人。
可是如果你说出刘公子之事，毫无对证，那就是诬陷好人，要罪上加罪！你可要想清楚啊！”小白菜吓得说不出话来。第二天再审，刘锡彤逼问奸情和毒药，小白菜还是说不知道。刘锡彤就叫动刑，一连三拶。小白菜一个柔弱女子哪里熬得过去，既不敢说出刘子翰之事，又不想说出别人，只好照阮桂金所教的话供了，说杨乃武初五日曾到她家里，给她一包药，说是治流火的，葛品连吃下就死了。
刘锡彤取得了小白菜口供，真是乐得合不拢嘴，立即传讯杨乃武。杨家人听说葛品连被人毒死，正在诧异，县里来传，便随差人前去。杨乃武一到，刘锡彤便审问，叫他供出如何用毒药毒死葛品连。杨乃武怒斥刘锡彤凭空诬陷，刘出示了小白菜的口供，杨乃武坚决否认此事。
因为杨是新科举人，按律规定，必须先革功名才能用刑。十二日，刘锡彤即申请上司将杨乃武的功名革去。不等上面的批文下来，第二次审问时便立即动刑，一连审了数次，夹棍、火砖等刑都使用过了，杨乃武坚决不肯让刘锡彤得逞。杨的堂弟杨恭治与詹氏的弟弟詹善政闻知后，以杨乃武初五日正在南乡岳父家里除灵为由赴县衙为杨乃武辩白。
刘锡彤提案质讯，小白菜畏刑，仍然照前供说。刘锡彤认为案情已查明，便将情况详报上司。
刘锡彤自恃与现任知府陈鲁关系密切，认为上司批准即可定罪。陈鲁翻阅原供，见杨乃武并未承认，就命令把全案人犯案卷解府复审。十月二十日，杨乃武和小白菜、沈喻氏、喻王氏、詹氏以及其他有关人证都被解送到杭州。
刘锡彤亲自到杭州打点，解送杭州的原供都作了篡改。死者口鼻流血改为七窍流血；银针未用皂角水擦洗改为已用皂角水擦洗；初五日给小白菜毒药改为初三日。陈鲁是军功出身，看不起读书人。他早听说杨乃武惯作谤诗，毁谤官府，认为杨乃武是个不守本分的人；仓前镇粮户闹粮的事，也知道是杨乃武为首，又有刘锡彤先入之言，所以此案一解到府，即不容杨申辩，第一次审问便用刑逼供。
小白菜因有供在先，不敢翻供。愚昧荒唐的沈喻氏听小白菜诬供毒药是杨乃武所给，竟然也改供说在葛品连死时，见死得可疑，即盘问小白菜，小白菜说是杨乃武叫她下毒的。陈鲁并不追问沈喻氏，却用严刑逼问杨乃武，跪钉板、跪火砖、上夹棍，几次昏死过去。一连几堂，杨乃武熬刑不过，只得诬服，乱供曾到小白菜家给她毒药。
陈鲁又问毒药从何而来，杨乃武说是前次到杭州回余杭路过仓前镇，花了40文钱买了一包砒霜，说是毒老鼠的。问他在哪个店里卖的，店主叫什么，杨乃武说在爱仁堂药铺，店主叫钱宝生。陈鲁取得杨口供后，不传钱宝生对质，却叫刘锡彤于二十七日转回余杭传讯钱宝生，讯问他卖毒药经过。
钱宝生到县衙，刘锡彤问他经过，钱宝生说这个月并没有看见过杨乃武到仓前，更没有卖过砒霜，爱仁堂是个小药铺，从来不进砒霜。刘锡彤一再威逼利诱，钱宝生还是坚决否认此事，并说他的名字叫钱坦，从来没用过钱宝生这个名字。钱宝生的弟弟钱垲听说哥哥被捉到县衙，赶来打听内情，设法营救。
他知道陈湖与刘锡彤很熟，就去恳求陈湖说情。陈湖私下里对钱垲说杨乃武供词中是毒老鼠的。的药铺并不知道是毒人，所以承认下来，也没有什么罪，至多是杖责，不承认，反而有罪。如果承认，马上可以请县衙给一张无干的谕帖，这样就不会有拖累了。于是钱垲劝钱宝生承认。
钱宝生听他们这样一说，就答应了，当即在门房里出了一张的甘结（旧时交给官府的一种画押字据）。陈湖拿了甘结进去见刘锡彤，刘见取得了甘结，所以就给了钱宝生无干的谕帖。刘锡彤骗到了钱宝生的甘结后，即日赶到杭州府。陈鲁即根据供词及甘结定案，按律拟罪：葛毕氏凌迟处死，杨乃武斩立决。
陈鲁严刑逼供，草率结案的事情立即哄传全省。当时距离乡试结束不久，杨乃武就是这一年八月乡试时考取了第48名举人的，当时许多乡试没有考取的生员对考取的人本来就心怀嫉妒，听说新科举人中出了谋夫夺妻的凶案，都幸灾乐祸，奔走相告。还有出入官府的一些士绅幕客，杨乃武在谤诗里提到他们的，也都推波助澜，众口一词，说杨乃武是十恶不赦的大坏人，都以早日看到处斩为快！这时候，杨家一家五口，面对这样突如其来的惨祸，惊恐万状，家破人亡已在目前。
詹氏日夜啼哭，双目红肿。只有杨乃武的姐姐杨菊贞头脑非常清醒，她眼看相依为命的弟弟罹此奇冤，受刑诬服，悲愤之余，四处奔走，设法救弟弟一命。她来到杭州城隍山城隍庙请了一签，签上说：“荷花开处事方明，春叶春花最有情。观人观我观自在，金风到处桂边生。
”城隍山上的测字先生解释说还有救，到荷花开时冤情可以明白，桂花开时人就可以平安归来了。接着杨菊贞又去扶乩，乩坛也批了两句诗：“若问归期在何日，待到孤山梅绽时。”这些本属无稽之谈，但是在当时迷信十分盛行的情况下，无疑对杨菊贞是一种莫大的鼓舞，增加了她为弟申冤的信心。
杨菊贞首先去找沈喻氏，得知她在县里和府里的口供不一致。接着又找到爱仁堂药铺老板钱宝生的母亲和伙计，都说杨乃武从没有向他们买过砒霜，这样她心里更有底了，冤情十分明显，她决定到臬司、藩司、抚台衙门告状。谁知官官相护，按察过了两堂，即认定原审无误，照原拟罪名详报巡抚定罪。
当时浙江巡抚是杨昌浚，余杭县官刘锡彤就重贿其属下，结果以“无冤无滥”审结，按照杭州府原拟罪名判定，至此已铁案难翻，只要刑部回文一到，就要立即执行了。杨乃武的亲属都认为没有生望了，只有杨菊贞不死心，入狱探监，与杨乃武商量，决定上京告御状。杨乃武自拟呈词，历述冤情以及各级官府严刑逼供屈打成招的经过。
呈状写好后，由杨乃武的舅父姚贤瑞作“抱告”，陪同进京，因为当时女人是不能递呈告状的。杨菊贞与杨乃武之妻詹氏和一双儿女，身背黄榜，历尽千辛万苦，走了两个月，到达北京，向都察院衙门提出了控诉。不料都察院问都不问，就将他们押解回浙江，仍交给巡抚杨昌浚审理，这次告御状算是失败了！杨菊贞仍不死心，誓死为弟洗冤，准备二次进京告状。
她二次进京得到了当时非常著名的“红顶商人”胡雪岩的大力支持。这位胡雪岩先生曾在浙江巡抚王有龄、闽浙总督左宗棠的支持下，开钱庄、办洋务，后来又在杭州开设胡庆余堂药店。他有资金3000万，田地一万亩，用钱捐了个江西候补道的功名，成了有财有势的官商。
他从小家境贫寒，又是学徒出身，所以对贫苦百姓生活比较关心。他为人乐善好施，仗义疏财。杨乃武冤案发生时，正在杭州筹办胡庆余堂药店的胡雪岩，是最早了解冤案内情的一个。胡雪岩有个西席（尊称授业之师或幕友为“西席”）叫吴以同，与杨乃武是同学同年，知道杨乃武平日为人正直，这次获罪一定是有人陷害，他把杨菊贞上京告状及准备二次进京的情况告诉了胡雪岩，胡表示愿意资助。
在吴以同的引荐下，杨菊贞拜见了胡雪岩，胡深表同情，不仅慷慨资助他们全家进京的路费，而且到京后所有用度也都包了下来，这已是同治十三年（1874）九月的事了。
就在杨菊贞准备二次进京告御状的时候，恰好有个浙江籍的京官、翰林院编修夏同善丁忧服阙后起复回京，胡雪岩为他饯行，由吴以同作陪。
席间胡雪岩、吴以同向夏同善讲述了杨乃武冤案的曲折经过，并且请他在京设法帮助，夏答应相机进言，不料这件事成了日后杨乃武冤案平反的关键一环！
杨菊贞二次进京后，由夏同善引荐，遍叩了浙江籍在京官员30余人。
夏同善与大学士翁同?商量，得到了他的大力支持；夏同善还会同御史王昕亲自上疏，为杨乃武平反。
于是，朝廷派了礼部侍郎胡瑞澜为钦差，到浙江勘查此案。浙江巡抚杨昌浚得知胡瑞澜到了杭州，就威逼利诱，说此案已经反复审问多次，无偏无枉，不宜轻易改动，否则引起士林不满，地方官吏今后也难以办事了。同时又推荐宁波知府边葆城、嘉兴知府罗子森会同审理。边葆城是杨昌浚湖南老乡，又是刘锡彤的姻亲，因此在复审时，边葆城动以酷刑，日夜熬审。
最后一堂把杨乃武的双腿夹折，对小白菜则十指拶脱，还用铜丝穿入乳头，惨不忍睹，就这样严刑拷打，钦差审结，仍然维持原判。这样一来，原审各级地方官吏如释重负，这批湖南帮的大小官员弹冠相庆，设席宴客，认为从此铁证如山，不会再有反复了。
而在京浙江籍人士对杨案主犯屡翻屡服，杨菊贞两次上京，认为必有曲折隐情。
有些举人、生员和杨乃武的好朋友三十余人联名向都察院、刑部提出控告，揭露此案，县、府、按察、督抚、钦宪七审七决，都是严刑逼供，屈打成招，上下包庇，草菅人命，欺罔朝廷，要求提京彻底审讯，昭示天下，以释群疑。在京官员认为这件案子如果真是有冤情不得平反，不仅是杨乃武、小白菜两条人命的问题，而且是有关整个浙江读书人的面子问题。
于是，夏同善、张家骧取得刑部侍郎袁保恒、大学士翁同?等人的支持，向两宫太后陈诉冤情，要求将 杨乃武、小白菜一案提京复审。最终杨乃武、小白菜案得以平反，与慈禧太后的直接干预有极大关系。
当初由大学士翁同?向两宫面陈案情，就引起了慈禧太后的注意，她没有直接下达谕旨，而是通过刑部叫浙江巡抚杨昌浚亲自审问，但她同时派了御史王昕到浙江私访案情。
对于此案是否提京复审，开始慈禧太后是犹豫的，她对地方官吏承办的要案也不愿轻易更改。但后来杨乃武冤狱的呼声越来越高，朝廷内外到处哄传，又加上官员不断上疏奏请提京勘查，慈禧太后终于下了决心：“叫刑部彻底根究。”这样，江浙派官吏初步得到了主动权。
刑部大审，开棺验尸，认定葛品连并非中毒而死。
刑部复审勘验情况奏知两宫，这时已将刘锡彤革职拿问。原审各级官员为什么审办不实，要刑部再彻底根究，于是又提集犯证审问了两次。
在是否惩办各级办案官吏的问题上，江浙派与两湖派发生了激烈的争吵。以大学士翁同?为首的江浙派力主惩办这些草菅人命的贪官污吏；另一派以四川总督丁宝桢为首，附和的多是两湖籍官员，故称两湖派。
他们认为不能为了区区两个平头百姓处理这么多官吏。由于这两派的争吵，刑部平反的奏疏，一直拖了两个月，迟迟不上，直到光绪三年（1877）二月十日，奏疏才上去，但是对于巡抚杨昌浚、钦差胡瑞澜并未提出参革，许多受贿、包庇等情弊也未提及，马虎了事，直到二月十六日以光绪帝名义下的平反谕旨才将二人革职。
杨昌浚虽然革了职，刘锡彤虽然是充军到黑龙江，但对刘子翰却完全开脱了。其余承办此案的知府、知县，都只是革职了事，只字不提行贿受贿之事。
从杨乃武、小白菜一方来说，冤案昭雪无疑是莫大的幸事，而事实上他们只是民间的一个小案，在那个时代其实是不足为怪的。
可是现在被渲染成爱情故事的案件背后陷藏着重大的政治斗争，难怪杨乃武在出狱后曾想去拜见救他一命的浙省大小官员，很多人并没有出面见他，毕竟参与这场斗争不光是为了一个杨乃武。参与对杨乃武审判的多是湖南籍官员，他们大多是左宗棠一手提拔的，在对渎职官吏的惩办上，朝廷也只采取了革职了事，而并没有量刑处罪，这就表明了这不是一个简单的刑事案件。
在这场无辜的冤案中，杨乃武几乎被折磨成了残废，刑部却说刑伤业已平复，并无伤筋折骨的情况。
经历了三年多的牢狱之灾以及各级官吏的残忍折磨，杨乃武虽死里逃生，家人团聚，但受此打击，人虽未亡而家已破，痛定思痛，实在是悲多欢少啊！从北京回家的路费仍然是胡雪岩资助的。
杨家人回到余杭县后，已是家产荡然，生活困难。杨乃武依靠亲友帮助，赎回了几亩桑地，以养蚕种桑为生。这时他虽然只有36岁，正当年富力壮的有为之年，但经过这场灾难，棱角已被磨尽，心灰意冷，轻易不与外界交往，专心致志研究孵育蚕种。余杭盛产丝棉，行销全国。
杨家世代养蚕，对育种有一定经验。过了三年，杨乃武所育蚕种名气就传开了，远近都来购买，他家的蚕种牌记是“风采牡丹，杨乃武记”。凡是杨家出卖的蚕种，都盖上了这个牌记。每到育种时，全家大小日夜忙碌，家里生活也日渐好转。杨乃武就是这样安静地度过了自己的后半生，直到1914年去世，终年74岁。
小白菜出狱后，回到余杭，万念俱灰，在南门外石门塘准提庵出家为尼，法名慧定。庵里没有香火，以养猪、养鸡为生。从此就在青灯古佛旁、晨钟暮鼓中了却残生，于1930年去世。她的墓塔建在余杭东门外的文昌阁旁，为了表白自己的清白和坦然，墓址选在河岸路旁。
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